En el ámbito de la agricultura, una de las características sobresalientes de estos sistemas agrícolas Chilotes es la alta biodiversidad presente. Además de la papa y de la frutilla, cultivos nativos de Chile; se manejan cultivos y especies animales que fueron introducidas tanto desde el continente como por los colonos, que tienen una larga adaptación a las condiciones locales y que los agricultores han domesticado y conservado a través de generaciones, lo que permite contar con variedades y razas con alta rusticidad. Ejemplo de ello son el caballo chilote, el cordero chilote, la frutilla, la oca (tubérculo), la quinua, las manzanas, la frutilla, el ajo, grosellas y frambuesas, y una enorme variedad de papas nativas entre otros cultivos.
La biodiversidad de estos agroecosistemas y sus características los convierten en un importante reservorio genético que ha sido manejado por los agricultores locales con prácticas tradicionales, agroecológicas u orgánicas.
Estas razas poseen también una importante valor cultural, ya que en torno a ellas se desenvuelven tradiciones comunitarias y una gama amplia de conocimientos acerca de la agricultura, el entorno natural y la historia del Archipiélago. También poseen un valor práctico que debe ser reconocido mundialmente para hacer frente a los desafíos de la seguridad alimentaria, ya que se trata por lo general de variedades y razas adaptadas a condiciones climáticas adversas; donde las variedades animales o vegetales no se encuentrancomúnmente en los circuitos comerciales formales. En el caso de los vegetales, son cultivos infrautilizados, que se cultivan en pequeñas huertas familiares o a muy baja escala, generalmente para autoconsumo, y que cuando se producen excedentes son comercializados en ferias locales.
Esta rica biodiversidad agrícola, sumada al manejo de los agroecosistemas basado en la observación y conocimiento, permitió que el archipiélago de Chiloé después de un extenso proceso de postulación y análisis, recibiera el reconocimiento oficial de sitio Sipam por parte de FAO el año 2011; destacándose así el aporte de los sistemas campesinos de la comunidad Chilota con la seguridad alimentaria de todo el mundo.
El año 2012, se entregó este reconocimiento a los representantes de las diez comunas del Archipiélago de Chiloé y a los agricultores custodios de este patrimonio agrocultural. Así, Chiloé se contituyó en uno de los “6 sitios pilotos de la iniciativa Sipam”, a nivel Mundial, y el único sitio en Chile hasta la fecha.