En el ámbito de la agricultura, una de las características sobresalientes de estos sistemas agrícolas Chilotes es la alta biodiversidad presente. Además de la papa y de la frutilla, cultivos nativos de Chile; se manejan cultivos y especies animales que fueron introducidas tanto desde el continente como por los colonos, que tienen una larga adaptación a las condiciones locales y que los agricultores han domesticado y conservado a través de generaciones, lo que permite contar con variedades y razas con alta rusticidad. Ejemplo de ello son el caballo chilote, el cordero chilote, la frutilla, la oca (tubérculo), la quinua, las manzanas, la frutilla, el ajo, grosellas y frambuesas, y una enorme variedad de papas nativas entre otros cultivos.

La biodiversidad de estos agroecosistemas y sus características los convierten en un importante reservorio genético que ha sido manejado por los agricultores locales con prácticas tradicionales, agroecológicas u orgánicas.

Estas razas poseen también una importante valor cultural, ya que en torno a ellas se desenvuelven tradiciones comunitarias y una gama amplia de conocimientos acerca de la agricultura, el entorno natural y la historia del Archipiélago.

También poseen un valor práctico que debe ser reconocido mundialmente para hacer frente a los desafíos de la seguridad alimentaria, ya que se trata por lo general de variedades y razas adaptadas a condiciones climáticas adversas; donde las variedades animales o vegetales no se encuentran comúnmente en los circuitos comerciales formales.

En el caso de los vegetales, son cultivos infrautilizados, que se cultivan en pequeñas huertas familiares o a muy baja escala, generalmente para autoconsumo, y que cuando se producen excedentes son comercializados en ferias locales.